Thông liên thất (TLT) có thể phát hiện được trên lâm sàng nhờ nghe tim. Một cách kinh điển, một TLT có thể gây nên tiếng thổi toàn tâm thu bệnh lý. Tuy nhiên nghe tim chỉ có thể giúp phát hiện TLT chứ không thể chẩn đoán xác định một cách chắc chắn. Tiếng thổi nghe được trong TLT phụ thuộc vào dòng máu bất thường đi từ thất trái qua lỗ thông rồi đến thất phải. Nếu chênh áp giữa hai thất không lớn (trường hợp lỗ thông quá lớn hoặc trong trường hợp tăng áp phổi nặng gây cân bằng áp lực giữa hai buồng thất) thì tiếng thổi này có thể rất nhỏ hoặc không nghe được. X-quang và điện tim là những phương tiện cận lâm sàng hỗ trợ chẩn đoán tuy nhiên không giúp chẩn đoán xác định chắc chắn. Một phương tiện chẩn đoán TLT được sử dụng rộng rãi trên lâm sàng là siêu âm-Doppler tim. Tuy nhiên để đánh giá ảnh hưởng của TLT lên hệ thống mạch máu phổi như tăng áp phổi thì phương pháp tốt nhất là thông tim chẩn đoán.